Ausgangspunkt bildet die Stadt Alexandria als politischem, kulturellem und theologischem Zentrum seit ihrer Gründung im Jahr 331 v. Chr. durch Alexander den Großen. In der alexandrinischen jüdischen Gemeinde liegen die Ursprünge des ägyptischen Christentums, das sich dort entfaltete und schließlich bis zur Machtübernahme durch die Araber im Jahr 641 Staatsreligion war. Die muslimischen Herrscher entwickelten in den darauf folgenden Jahrhunderten aus der lange bestehenden griechisch-römischen Tradition ihre eigene kulturelle und künstlerische Identität.

Über 250 Exponate überwiegend aus den Sammlungen der Staatlichen Museen und der Staatsbibliothek zu Berlin sowie dem British Museum und dem Louvre zeugen von dem reichen kulturellen Erbe der drei monotheistischen Religionen. Gezeigt werden in Ägypten entstandene Zeugnisse ihrer heiligen Schriften, Bauskulpturen und liturgisches Gerät ihrer Kultbauten sowie zahlreiche Gegenstände und Dokumente des alltäglichen Lebens. Eine besondere Bereicherung stellen ausgewählte Schriftstücke aus der so genannten "Kairoer Genizah" dar - heute größtenteils im Besitz der Taylor-Schechter Genizah Research Unit der Universität Cambridge (UK). Die Dokumentensammlung in hebräischer und judaeo-arabischer Schrift aus der Ben Ezra Synagoge in Alt-Kairo spiegelt anschaulich das gemeinsame Leben von Juden, Christen und Muslimen in Alt-Kairo im Mittelalter wider.