Schwerpunkte sind altdeutsche und niederländische Zeichnungen und Druckgraphiken, italienische Zeichnungen der Renaissance, deutsche Zeichnungen des 19. Jahrhunderts, Werke der klassischen Moderne und internationale Graphik bis zur Gegenwart. Die Ursprünge der Sammlung gehen auf das 1758 gegründete Kupferstich- und Zeichnungskabinett des Kurfürsten Karl Theodor von der Pfalz im Mannheimer Schloss zurück. Bereits vor 1800 wurde es nach München überführt.
In den Jahren der Säkularisierung wurden Graphikbestände aus aufgehobenen Klöstern und Stiften in die Sammlung integriert. Seit 1874 ist die Staatliche Graphische Sammlung eine selbständige Museumsinstitution. Bis 1944 war sie im ehemaligen Bau der Neuen Pinakothek beheimatet. Sie teilte deren Schicksal der Zerstörung. Nach Kriegsende wurde sie provisorisch im ehemaligen NS- Verwaltungsgebäude am Königsplatz untergebracht, wo sich heute noch die Sammlungsbestände sowie die Verwaltungsräume befinden.
In der Pinakothek der Moderne hat die Staatliche Graphische Sammlung endlich Ausstellungsflächen gefunden, die ihrem Rang und ihren konservatorischen Bedürfnissen entsprechende. Mit der wohl umfassendsten Ausstellung ihrer Geschichte feierte die Staatliche Graphische Sammlung München im Jahr 2008 ihr zweihundertfünfzigjähriges Bestehen. Damit gab sie einem einmaligen, konzentrierten Einblick in ihre reichen und hochkarätigen Bestände.