Bereits vor der „ersten großen Mandränke“, der großen Flut von 1362, gehörte das Gebiet der heutigen Hallig Nordmarsch-Langeneß zum alten „Strand“. Dort gab es zahlreiche, heute verloren gegangene Kirchspiele. Nach der „zweiten großen Mandränke“ 1634 hörte die Langeneßer Kirche auf, zum Kirchspiel von Oland zu gehören. Bei der Neuordnung der kirchlichen Verhältnisse erhielt Langeneß ein eigenes Kirchspiel.

Eine erste Predigtstätte für Studenten der Theologie wurde 1658 errichtet. Kurz darauf wurde das Langeneßer Schulhaus zur Kirche. Seither amtierte ein ordinierter Pastor auf der Hallig. 1725 wurde die Kirche neu gebaut. Auf deren Fundamente steht die heutige neugotische und längsrechteckige Saalkirche aus dem Jahr 1894. Das östliche Drittel wurde von Anfang an abgetrennt und bis in die 1960er Jahre als Schule genutzt.

Zahlreiche Ausstattungsstücke der Kirche verweisen auf die jahrhundertealte Geschichte der Halligkirche. Das älteste Stück ist das Taufbecken aus dem 13. Jahrhundert im Vorraum der Kirche. Ein weiteres Taufbecken im Altarraum stammt aus dem 16. Jahrhundert. Den gemalten Flügelaltar stifteten 1670 zwei Langeneßer Schiffer. Auch der Altarleuchter ist eine Stiftung aus jener Zeit. Die Kanzel mit dem sechseckigen Schalldeckel stammt von 1696, 1729 bemalte man sie mit Bildern von Moses, den vier Evangelisten und Christus. Von besonderer Bedeutung ist die bemalte Holzdecke von 1731, die aus dem Vorgängerbau stammt.

Die wechselvolle Geschichte der Kirche auf Langeneß ist die einer typischen Halligkirche: Steter Verlust und Neuanfang, eng mit den Naturgegebenheiten der Nordsee und des Wattenmeeres verbunden. Das durch Nässe stark angegriffene Mauerwerk führte im Inneren zu sichtbaren Feuchtigkeitsschäden. Daher bekam das Bauwerk durch eine umfassende Außenhautsanierung eine wirksame Isolierung gegen das angreifende Wasser. Ähnliche Sicherungsmaßnahmen erfolgten durch die Fensterrestaurierung.