Bereits 1818 hatte Kronprinz Ludwig die Südseite des Königsplatzes als Standort für eine Apostelkirche in Form einer klassizistisch geprägten Basilika vorgesehen. Zusammen mit der Kirche sollte ein Benediktinerkloster entstehen. Das Bauvorhaben war Teil des kulturpolitischen Konzepts zur begrenzten Wiedereinführung von Orden nach der Säkularisation in Bayern. Mit dem Bau der Benediktiner- und Pfarrkirche St. Bonifaz wurde schließlich 1835 begonnen. Die fünfschiffige Basilika mit offener Säulenvorhalle in Sichtbackstein mit Kalksteingliederung nach einem Entwurf von Georg Friedrich Ziebland war 1847 vollendet, doch verzögerte sich die Weihe bis 1850. 1868 wurde Ludwig I. in dem für ihn vorgesehenen Sarkophag in St. Bonifaz beigesetzt. Der Kirchenbau galt später als ein frühes Hauptbeispiel des romantisch-historistischen Kirchenbaus. Im Zweiten Weltkrieg zerstört, wurden von 1945 bis 1950 nur etwa 32 Meter des ursprünglich 82 Meter langen Gebäudes wiederhergestellt. Neben der Alten Pinakothek und dem Alten Südfriedhof ist die behutsame und die Spuren zeigende Wiederherstellung von St. Bonifaz ein wichtiges Beispiel für diese Form des Wiederaufbaues.

Das zeitgleich nördlich der Apsis entstandene Kloster ist ein Backsteinbau mit zwei Innenhöfen in baulicher Einheit mit dem Königsplatz 1. Für die Fassadengestaltung verwandte man unterschiedliche Materialien. Die sichtbaren Teile, wie Südfassade und die Ansichten des Verbindungsbaues zur Abteikirche, gliederte man wie die Basilika sehr reich und ziegelsichtig. Die westliche und östliche Fassade dagegen, die an die Fassaden der Staatlichen Antikensammlungen am Königsplatz grenzen, bestehen wie diese aus kalksteinernen Werksteingliederungen und steinquaderimitierenden Putzfassaden. Die Putzfassaden zu den Innenhöfen wurden farbig gefasst.

Die nur notdürftig behobenen Bombenschäden des kriegszerstörten Klosters verursachten zuletzt statische Probleme. Bauliche Mängel und zahlreiche weitere Schäden kamen hinzu. Nach umfangreichen Voruntersuchungen begann die Generalsanierung. Sie wird auch dazu genutzt, ehemalige Mönchszellen zu einfachen Besucherzimmern umzubauen.