Am 25. Oktober 2000 fand am Judenplatz eine doppelte Eröffnung statt: Zum einen wurde das Museum Judenplatz mit der Ausgrabung der mittelalterlichen Synagoge für die Besucher zugänglich. Das Museum gestaltete das Architektenteam Jabornegg und Palffy, das Konzept erstellte das Team des damaligen Historischen Museums der Stadt Wien in Zusammenarbeit mit dem Institut für die Geschichte der Juden in Österreich. Zum anderen wurde das auf Anregung von Simon Wiesenthal errichtete Mahnmal für die 65.000 ermordeten österreichischen Juden der britischen Künstlerin Rachel Whiteread auf dem Judenplatz enthüllt.

Im Dezember 2010, zehn Jahre nach der Eröffnung des Museums Judenplatz, erarbeitete das Jüdische Museum Wien eine neue permanente Ausstellung zur mittelalterlichen Geschichte und adaptierte die ebenerdigen Räume für den permanenten Wechselausstellungsbetrieb.